後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣，從此他化名為江戶川柯南，在好友阿笠博士的建議下，寄住在青梅竹馬毛利蘭的蹩腳偵探父親毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。

同時柯南也憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。